Helena Kowalska urodziła się 25 sierpnia 1905 r. w rolniczej rodzinie z Głogowca k/Łodzi jako trzecie z dziesięciorga dzieci. Dwa dni później została ochrzczona w kościele parafialnym pod wezwaniem św. Kazimierza w Świnicach Warckich (diecezja włocławska). Nadano jej wówczas imię Helena. Kiedy miała siedem lat, po raz pierwszy usłyszała w duszy głos wzywający do doskonalszego życia. W 1914 r. przyjęła I Komunię świętą, a dopiero trzy lata później rozpoczęła naukę w szkole podstawowej. Mimo dobrych wyników uczyła się tylko trzy lata, potem musiała zrezygnować, aby pomagać matce w domu.
W szesnastym roku życia opuściła dom rodzinny, by na służbie u zamożnych rodzin w Aleksandrowie, Łodzi i Ostrówku zarobić na własne utrzymanie i pomóc rodzicom. Przez cały czas bardzo pragnęła życia zakonnego, ale rodzicom powiedziała o swoich zamiarach dopiero w 1922 r. Ojciec jednak nie wyraził zgody, motywując odmowę brakiem pieniędzy na wyprawę wymaganą w klasztorach.
W lipcu 1924 r., kiedy Helena z koleżankami uczestniczyła w zabawie w parku koło łódzkiej katedry, Pan Jezus przemówił do niej i polecił niezwłocznie pojechać do Warszawy i wstąpić do klasztoru. Helena postanowiła nie wracać do domu i postawić rodziców przed faktem dokonanym. O tym planie powiedziała tylko siostrze, z którą była, i pierwszym pociągiem przyjechała do Warszawy. Tu następnego dnia zgłosiła się do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia przy ul. Żytniej. Musiała jednak jeszcze rok przepracować w Warszawie, aby odłożyć pieniądze na skromną wyprawę.
1 sierpnia 1925 r. została przyjęta do Zgromadzenia. Postulat odbywała w Warszawie, a nowicjat w Krakowie, gdzie w czasie obłóczyn zakonnych razem z habitem otrzymała imię Maria Faustyna. Od marca 1926 r. Bóg doświadczał siostrę Faustynę ogromnymi trudnościami wewnętrznymi; wiele przecierpiała aż do końca nowicjatu. W Wielki Piątek 1927 r. zbolałą duszę nowicjuszki ogarnął żar Bożej Miłości. Zapomniała o własnych cierpieniach, poznając, jak bardzo cierpiał dla niej Jezus. 30 kwietnia 1928 r. złożyła pierwsze śluby zakonne, następnie z pokorą i radością pracowała w różnych domach zakonnych, m.in. w Krakowie, Płocku i Wilnie, pełniąc rozmaite obowiązki. Zawsze pozostawała w pełnym zjednoczeniu z Bogiem. Jej bogate życie wewnętrzne wspierane było poprzez wizje i objawienia. W zakonie przeżyła 13 lat.
22 lutego 1931 r. po raz pierwszy ujrzała Pana Jezusa Miłosiernego. Otrzymała wtedy polecenie namalowania takiego obrazu, jak ukazana jej postać Zbawiciela, oraz publicznego wystawienia go w kościele. Mimo znacznego pogorszenia stanu zdrowia pozwolono jej na złożenie profesji wieczystej 30 kwietnia 1933 r. Później została skierowana do domu zakonnego w Wilnie. Na początku 1934 roku zwróciła się z prośbą do artysty-malarza Eugeniusza Kazimierskiego o wykonanie według jej wskazówek obrazu Miłosierdzia Bożego. Gdy w czerwcu ujrzała ukończony obraz, płakała, że Chrystus nie jest tak piękny, jak Go widziała.
Dzięki usilnym staraniom ks. Michała Sopoćko, kierownika duchowego siostry Faustyny, obraz został wystawiony po raz pierwszy w czasie triduum poprzedzającego uroczystość zakończenia Jubileuszu Odkupienia świata w dniach 26-28 kwietnia 1935 r. Został umieszczony wysoko w oknie Ostrej Bramy i widać go było z daleka. Uroczystość ta zbiegła się z pierwszą niedzielą po Wielkanocy, tzw. niedzielą przewodnią, która – jak twierdziła siostra Faustyna – miała być przeżywana na polecenie Chrystusa jako święto Miłosierdzia Bożego. Ksiądz Michał Sopoćko wygłosił wówczas kazanie o Bożym Miłosierdziu.
W 1936 r. stan zdrowia siostry Faustyny pogorszył się znacznie, stwierdzono u niej zaawansowaną gruźlicę. Od marca tego roku do grudnia 1937 r. przebywała na leczeniu w szpitalu na krakowskim Prądniku Białym. Wiele modliła się w tym czasie, odwiedzała chorych, a umierających otaczała szczególną modlitewną pomocą. Po powrocie ze szpitala pełniła przez pewien czas obowiązki furtianki. Starała się bardzo, by żaden ubogi nie odszedł bez najmniejszego choćby wsparcia od furty klasztornej. Wywierała bardzo pozytywny wpływ na wychowanki Zgromadzenia, dając im przykład pobożności i gorliwości, a zarazem wielkiej miłości.
Chrystus uczynił siostrę Faustynę odpowiedzialną za szerzenie kultu Jego Miłosierdzia. Polecił pisanie Dzienniczka poświęconego tej sprawie, odmawianie nowenny, koronki i innych modlitw do Bożego Miłosierdzia. Codziennie o godzinie 15:00 Faustyna czciła Jego konanie na krzyżu. Przepowiedziała także, że szerzona przez nią forma kultu Miłosierdzia Bożego będzie zabroniona przez władze kościelne. Dzięki s. Faustynie odnowiony i pogłębiony został kult Miłosierdzia Bożego. To od niej pochodzi pięć form jego czci: obraz Jezusa Miłosiernego („Jezu, ufam Tobie”), koronka do Miłosierdzia Bożego, Godzina Miłosierdzia (godzina 15, w której Jezus umarł na krzyżu), litania oraz święto Miłosierdzia Bożego w II Niedzielę Wielkanocną.
W kwietniu 1938 r. nastąpiło gwałtowne pogorszenie stanu zdrowia siostry Faustyny. Ksiądz Michał Sopoćko udzielił jej w szpitalu sakramentu chorych, widział ją tam w ekstazie. Po długich cierpieniach, które znosiła bardzo cierpliwie, zmarła w wieku 33 lat – 5 października 1938 r. Jej ciało pochowano na cmentarzu zakonnym w Krakowie-Łagiewnikach. W 1966 r. w trakcie trwania procesu informacyjnego w sprawie beatyfikacji siostry Faustyny, przeniesiono jej doczesne szczątki do kaplicy Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach.
S. Faustyna została beatyfikowana 18 kwietnia 1993 r., a ogłoszona świętą 30 kwietnia 2000 r. Uroczystość kanonizacji przypadła w II Niedzielę Wielkanocną, którą św. Jan Paweł II ustanowił wtedy świętem Miłosierdzia Bożego. Relikwie św. siostry Faustyny znajdują się w Krakowie-Łagiewnikach, gdzie mieści się sanktuarium Miłosierdzia Bożego odwiedzane przez setki tysięcy wiernych z kraju i z całego świata. Dwukrotnie nawiedził je również św. Jan Paweł II, po raz pierwszy w 1997 r., a po raz drugi – 17 sierpnia 2002 r., aby dokonać uroczystej konsekracji nowo wybudowanej świątyni w Krakowie-Łagiewnikach i zawierzyć cały świat Bożemu Miłosierdziu.
W ikonografii św. Faustyna przedstawiana jest w czarnym habicie, w stroju swego zgromadzenia.